Các bờ hồ thì thấp và khi nước sông dâng cao thì tràn bờ hồ. Do đó các bờ lầy lội và có nhiều cây mía, cùng các con vịt, ngan, ngỗng và thiên nga sinh sống. Khu vực ven bờ được bao phủ bởi các rừng nguyên sinh dày đặc.[11] Loại cây chính là thông, nhưng cũng có các cây đoạn, cây du và tống quán sủi. Các động vật thông thường gồm có hươu Bắc Mỹ, gấu nâu, chó sói, chồn, thỏ rừng, sóc, linh miêu, chồn mactet, con lửng châu Âu, cũng như chuột xạ Bắc Mỹ và chồn vizon được đưa vào vùng này từ đầu thế kỷ 20. Khoảng 200 loại chim thuộc 15 họ đã được quan sát thấy ở lưu vực hồ.[10][12][13]

Hồ Onega có rất nhiều loại cá và loài không xương sống sống dưới nước, trong đó có các di hài từ kỷ băng hà, như cá miệng tròn. Có khoảng 47 loại cá thuộc 13 họ, trong đó có cá tầm, cá hồi nước ngọt, cá hồi xám, cá hồi suối, cá osmer châu Âu (cá nhỏ họ Osmeridae), cá hồi miệng nhỏ, cá chép, cá giếc, cá hồi trắng, cá bống, cá hồi chấm hồng, cá chó, cá hồi trắng châu Âu, cá bạch, cá vền bạc, cá vền, cá ziege (thuộc họ cá chép), cá chạch, cá nheo, cá chình châu Âu, rudd (thuộc lớp cá vây tia), cá chép đỏ, cá đục, sander (thuộc họ cá pecca), cá pecca, ruffe (thuộc họ cá pecca) và cá tuyết sông.[8][9][14]